氨基烯丙基dUTP可以通过常规酶结合技术轻松地掺入DNA中。然后可以使用任何胺反应性荧光染料，生物素和其他胺反应性试剂对所得的胺修饰的核酸进行标记。与通常具有较高立体抑制能力的标签标记的尿苷三磷酸酯相比，氨基烯丙基修饰的核苷酸可以掺入到极高且一致的水平。胺修饰的核酸与过量的胺反应性试剂的随后反应，无论选择何种标记试剂，均能实现相应较高的一致标记效率。这种两步标记方法还消除了优化酶促反应以适应不同染料修饰核苷酸的需要，该修饰可能以非常不同的速率掺入。这种标记方法广泛用于FISH探针和基于微阵列的实验。