小沟结合物（MGB）分子选择性地结合到DNA分子的小沟，即DNA螺旋中的浅沟。MGB标记的寡核苷酸与互补的DNA和RNA靶序列形成稳定的杂合复合物。天然产物CC-1065的类似物二氢吡咯并吲哚三肽（CDPI3）已表现出与寡核苷酸连接时可在单链DNA上阻止序列特异性引物延伸。包含CDPI3的寡核苷酸可提高特异性和杂交强度，从而增强DNA双链体的稳定性。将MGB分子添加到DNA探针可以设计出较短的杂交探针，该探针可用于分子诊断，例如基于定量PCR的测定。可能有几种设计，包括Taqman MGB探针。